為有效因應金融市場集團化及複雜化之發展趨勢，並提升金融檢查效能，本局已陸續推行金融檢查制度之變革，如：實施差異化檢查機制、本國銀行檢查評等制度、建立金融檢查重大意見通報與追蹤考核機制、配合法令及市場環境調整檢查重點，並與中央銀行、行政院農業委員會農業金融局及中央存款保險公司建立金融監理、檢查的跨部會監理聯繫平台，且與司法檢調機關建立合作聯繫機制，積極檢肅金融不法，以維護金融市場紀律。